Quand on se lance dans la mod\u00e9lisation \u00e0 base d’agent, on se retrouve r\u00e9guli\u00e8rement face \u00e0 de tr\u00e8s gros jeux de donn\u00e9es issus d’analyse de sensibilit\u00e9. Ce travail d’excavation des r\u00e9sultats est facilement r\u00e9alisable avec R.<\/p>\n
Dans le cas de Netlogo, il existe un certain nombre d\u2019extensions qui permettent, en plus de l’utilisation traditionnelle de R pour l’exploration des r\u00e9sultats, d\u2019appeler des mod\u00e8les depuis un script R (package RNetlogo), mais \u00e9galement le contraire, c’est-\u00e0-dire appeler R dans l’interface Netlogo.<\/p>\n
La premi\u00e8re solution qui consiste \u00e0 appeler Netlogo dans R par l\u2019interm\u00e9diaire du package RNetlogo<\/a> a \u00e9t\u00e9 l’objet de l’atelier couplage de mod\u00e8le que j’ai co-anim\u00e9 avec F. Vinatier en novembre 2013 dans le cadre du projet LACCAVE de l’INRA, portant sur l\u2019adaptation au changement climatique de la viticulture.<\/p>\n Voil\u00e0 un exemple d’utilisation simple<\/p>\n L’exp\u00e9rience contraire qui consiste \u00e0 importer R dans Netlogo via l’extension netlogo-R <\/a>est possible \u00e9galement , mais m’a sembl\u00e9 un peu plus tricky,<\/em> surtout \u00e0 installer (m\u00eame s’il existe beaucoup de ressources sur l’internet)!<\/p>\n La premi\u00e8re chose \u00e0 faire est de t\u00e9l\u00e9charger l’extension sur source-forge<\/a>, et la d\u00e9compresser dans le dossier extension de Netlogo.<\/p>\n Il vous faudra \u00e9galement installer R (\u00e7a va de soi), et quelques packages additionnels : rJava (pour faire communiquer les deux mondes R et Java) et JavaGD (si vous voulez pouvoir acc\u00e9der \u00e0 des graphes R dans netlogo).<\/p>\n La derni\u00e8re petite chose \u00e0 faire est de charger des variables d’environnement ce qui, sous Linux, peut se faire \u00e0 la vol\u00e9e si vous compl\u00e9tez le fichier .profile<\/em> ou .bachrc<\/em> qui va bien pour votre distribution.<\/p>\n et vous pouvez faire une petite v\u00e9rification …<\/p>\n Il vous faudra maintenant lancer Netlogo en console pour que les variables d’environnement soient prises en compte… Pour faire un rapide tour du propri\u00e9taire de ces nouvelles possibilit\u00e9s, il y a dans l’archive que vous avez t\u00e9l\u00e9charg\u00e9e et d\u00e9compress\u00e9e dans votre fichier Netlogo plusieurs scripts Netlogo d’exemple.<\/p>\n et voil\u00e0 \ud83d\ude42<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Quand on se lance dans la mod\u00e9lisation \u00e0 base d’agent, on se retrouve r\u00e9guli\u00e8rement face \u00e0 de tr\u00e8s gros jeux de donn\u00e9es issus d’analyse de sensibilit\u00e9. Ce travail d’excavation des r\u00e9sultats est facilement r\u00e9alisable avec R. Dans le cas de Netlogo, il existe un certain nombre d\u2019extensions qui permettent, en plus de l’utilisation traditionnelle de … Continuer la lecture de Netlogo et R<\/span> rm(list=ls(all=TRUE)) \u00a0\u00a0\u00a0\u00a0# Ligne de code permettant d'effacer toutes les donnees de l'espace de travail\r\n\r\n#Chargement des LIBRAIRIES\r\nlibrary(RNetLogo)\r\n\r\n#Chargement du r\u00e9pertoire dans lequel se trouvent les donn\u00e9es\r\nChemin.datas=\"\/home\/delay\/DONNEES\/\"\r\nChemin.Netlogo=\"\/opt\/netlogo-5.0.4\"\r\nChemin.Model=\"\/home\/delay\/LAME\/LAME\"\r\n\r\n# Chargement de NetLogo\r\nNLStart(nl.path=Chemin.Netlogo,nl.version=5,gui=T) # lancement de Netlogo avec la GUI\r\n\r\n# Chargement du mod\u00e8le\r\nNLLoadModel(paste(Chemin.Model,\"\/Ruissellement.nlogo\",sep=\"\")) \r\n\r\n# Initialisation du mod\u00e8le\r\nNLCommand(\"clear-all\")\r\nNLCommand(\"setup\")\r\n\r\n# Simulation sur XX pas de temps\r\ncpt=0\r\nwhile(cpt <= 30) { cpt=cpt+1 NLCommand(\"go\") ##le go doit \u00eatre dans une boucle pour \u00eatre executee plusieurs fois } # r\u00e9cup\u00e9ration des variables des agents population=NLGetAgentSet(c(\"age\",\"capital,\"innovation\"),\"farmers with [innovation > 0], as.data.frame=FALSE, agents.by.row=TRUE )\r\n<\/pre>\nNetlogo-R, absorber les capacit\u00e9s statistiques de R dans Netlogo<\/h1>\n
unzip r_v1.3_for_NL5_R3.0_and_higher.zip \/opt\/netlogo\/extensions\/<\/pre>\n
install.packages(c(\"rJava\",\"JavaGD\"),dependencies=T)\r\n\r\n<\/pre>\n
\n
export JAVA_HOME=\/usr\/lib\/jvm\/java-7-openjdk\r\nexport R_HOME=\/usr\/lib\/R\r\nexport JRI_HOME=\/usr\/lib\/R\/library\/rJava\/jri<\/pre>\n
\n
##export pour R-Netlogo\r\nexport JAVA_HOME=\/usr\/lib\/jvm\/java-1.7.0-openjdk\r\nexport R_HOME=\/usr\/lib64\/R\r\nexport JRI_HOME=\/usr\/lib64\/R\/library\/rJava\/jri<\/pre>\n
echo $JRI_HOME<\/pre>\n
\u00a0extensions [r] ;;pour charger l'extension<\/pre>\n
to stat_R ;; des op\u00e9ration stat issu de R \r\n\u00a0 ;; create R list from farmers agents\r\n\u00a0 ask farmers [\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ;;definition de la taille de la m\u00e9moire \r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ifelse length capital_list <= 5[\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set capital_list lput capital capital_list\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set my_time lput ticks my_time\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ][\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set capital_list lput capital capital_list\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set capital_list remove-item 0 capital_list\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 \u00a0\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set my_time lput ticks my_time\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set my_time remove-item 0 my_time\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ]\r\n\u00a0\u00a0 \u00a0\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ifelse length capital_list <= 5 [\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 ;; send the memory to R\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 r:put \"y\" capital_list\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 r:put \"x\" my_time\r\n\u00a0\u00a0 \u00a0\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 ;; calculate correlation between weight and height\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 r:eval \"fm <- lm(y ~ x)\"\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set memory r:get \"fm$coefficient[2]\"\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 show memory\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ][\r\n\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 set memory 0\r\n\u00a0\u00a0\u00a0 ] \u00a0\r\n\u00a0 ]\r\nend<\/pre>\n