{"id":305,"date":"2016-04-28T08:45:49","date_gmt":"2016-04-28T07:45:49","guid":{"rendered":"http:\/\/elcep.legtux.org\/?p=305"},"modified":"2016-04-28T08:45:49","modified_gmt":"2016-04-28T07:45:49","slug":"grass-gis-7-et-r","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/elcep.legtux.org\/?p=305","title":{"rendered":"GRASS-GIS 7 et R"},"content":{"rendered":"

Contexte<\/h2>\n

Avec @fabio_zottele<\/a>, nous nous sommes replong\u00e9s ce weekend sur un travail un peu vieux. Celui-ci remonte \u00e0 5 ans, et consiste \u00e0 proposer un algorithme bas\u00e9 sur des librairies\/logiciels libres afin de d\u00e9tecter les terrasses viticoles. Ce travail avait initialement \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 sur R gdal et grass 6.3. pour une petite zone de la val di Cembra.<\/p>\n

Notre objectif est aujourd’hui de syst\u00e9matiser l’algorithme et de v\u00e9rifier que l’\u00e9volution des technologies et des algorithmes sur lesquels nous nous \u00e9tions bas\u00e9s produit toujours le r\u00e9sultat attendu.<\/p>\n

Installation de GRASS7\"Grass-GIS\"<\/a><\/h2>\n

La premi\u00e8re chose \u00e0 faire est de compiler GRASS-GIS en version 7, car les d\u00e9p\u00f4ts ne sont pas encore \u00e0 jour sur Fedora. Vous pouvez trouver toute la documentation sur le wiki de grass<\/a>.<\/p>\n

On pourra commencer par t\u00e9l\u00e9charger le weekly snapshot<\/a> du projet , et installer les d\u00e9pendances qui vont bien :<\/p>\n

sudo dnf install gcc gcc-c++ bison flex ncurses-devel proj-epsg proj-nad xml2 \\\r\nproj-devel gdal gdal-devel gdal-python sqlite-devel mesa-libGL-devel \\\r\nfftw-devel mesa-libGLU-devel libXmu-devel libX11-devel geos geos-devel \\\r\nlibtiff-devel lesstif-devel python-devel numpy wxPython wxGTK-devel \\\r\npython-dateutil python-imaging python-matplotlib-wx subversion doxygen python-sphinx \\\r\nnetcdf-devel postgresql-devel lapack lapack-devel blas blas-devel atlas atlas-devel<\/pre>\n
On peut ensuite aller compiler les sources :<\/p>\n
cd ~\/T\u00e9l\u00e9chargement\/grass7.0.svn\/\r\n.\/configure \\\r\n  --with-cxx \\\r\n  --with-gdal=\/usr\/bin\/gdal-config \\\r\n  --with-proj --with-proj-share=\/usr\/share\/proj \\\r\n  --with-python=\/usr\/bin\/python-config \\\r\n  --with-geos \\\r\n  --with-sqlite \\\r\n  --with-nls \\\r\n  --with-wxwidgets=\/usr\/bin\/wx-config \\\r\n  --with-fftw \\\r\n  --with-cairo --with-cairo-ldflags=-lfontconfig \\\r\n  --with-freetype --with-freetype-includes=\/usr\/include\/freetype2 \\\r\n  --enable-largefile \\\r\n  --without-odbc \\\r\n  --with-ffmpeg \\\r\n  --with-ffmpeg-includes=\"\/usr\/include\/ffmpeg \/usr\/include\/ffmpeg\/libav* \/usr\/include\/ffmpeg\/libpostproc \/usr\/include\/ffmpeg\/libswscale\" \\\r\n  --with-blas --with-blas-includes=\/usr\/include\/atlas-x86_64-base\/ \\\r\n  --with-lapack --with-lapack-includes=\/usr\/include\/atlas-x86_64-base\/ \\\r\nmake -j4 #pour compiler sur 4 thread\r\nsudo make install<\/pre>\n
Et nous voil\u00e0 avec une belle installation de grass7. Je vous encourage \u00e0 faire un tour du propri\u00e9taire parce qu’un travail formidable a \u00e9t\u00e9 fait ! Bravo \u00e0 l’\u00e9quipe de dev!<\/p>\n
Comment se passe la communication avec R ?<\/h2>\n
\"Rlogo\"<\/a>Et bien figurez-vous qu’il y a le package qui va bien \ud83d\ude00 : rgrass7<\/a> qui s’installe comme d’habitude dans R avec :<\/p>\n
install.packages(\u00ab\u00a0rgrass7\u00a0\u00bb, dependences = TRUE)<\/p>\n
Mais l’utilisation diff\u00e8re un peu de son grand fr\u00e8re. En effet, on peut d\u00e9sormais sp\u00e9cifier l’emplacement de votre GRASS7 fraichement compil\u00e9. On proc\u00e8dera donc de la mani\u00e8re suivante :<\/p>\n
remove(list=ls())\r\n## Configuration Parametrs:\r\ngisBaseLocation = \"\/opt\/grass\" #where the GRASS executables are\r\nlibrary(rgrass7) #load lib in R\r\ninitGRASS(gisBase=gisBaseLocation, override=TRUE) #Run GRASS in & Cancel previous running GRASS instance in R<\/pre>\n
L’ex\u00e9cution se fait ensuite avec une seule et m\u00eame commande R \u00e0 laquelle on passera en param\u00e8tre la commande GRASS<\/p>\n
execGRASS(cmd= \"g.remove\", flags=c(\"f\", \"b\"), parameters= list(type=\"raster\", pattern=\"*\"))<\/pre>\n
Ici on ex\u00e9cute donc dans R une commande GRASS qui va permettre de supprimer tous les rasters de la base de donn\u00e9es GRASS.<\/p>\n
Pour prendre un autre exemple :<\/p>\n
execGRASS(cmd= \"r.param.scale\", flags= c(\"overwrite\", \"verbose\"), parameters= list(input=\"DTM\",output=\"CURVATURE\", size=5, method=\"profc\", zscale=2.0))<\/pre>\n
Ici on ex\u00e9cutera la commande r.param.scale<\/em>\u00a0 en sp\u00e9cifiant toutes les options.<\/p>\n
Quand on veut ensuite sortir les r\u00e9sultats de GRASS pour les manipuler dans R, la m\u00e9thode n’a pas beaucoup chang\u00e9 :<\/p>\n
param.scale = raster(readRAST(\"CURVATURE\"))<\/pre>\n
Ici on utilise la fonction raster du package \u00e9ponyme pour convertir en raster les donn\u00e9es en sortie de la fonction readRAST<\/em> du package rgrass7.<\/p>\n
Pour le plaisir des yeux<\/h2>\n
Voil\u00e0 donc \u00e0 partir de donn\u00e9es LIDAR \u00e0 1m la proportion de surface avec des terrasses \u00e0 l’\u00e9chelle tu Trentino !<\/p>\n
\"mappaEroica\"<\/a>
Proportion de surfaces agricoles terrass\u00e9es par tuile de donn\u00e9es LIDAR \u00e0 l’\u00e9chelle de la r\u00e9gion Trentino<\/figcaption><\/figure>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
Contexte Avec @fabio_zottele, nous nous sommes replong\u00e9s ce weekend sur un travail un peu vieux. Celui-ci remonte \u00e0 5 ans, et consiste \u00e0 proposer un algorithme bas\u00e9 sur des librairies\/logiciels libres afin de d\u00e9tecter les terrasses viticoles. Ce travail avait initialement \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 sur R gdal et grass 6.3. pour une petite zone de la … Continuer la lecture de GRASS-GIS 7 et R<\/span> →<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[2],"tags":[51,52,53,5,23],"class_list":["post-305","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-geomatique","tag-grass-gis","tag-grass7","tag-moutain","tag-r","tag-viticulture"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/305","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=305"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/305\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":333,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/305\/revisions\/333"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=305"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=305"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/elcep.legtux.org\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=305"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}