{"id":458,"date":"2020-05-11T14:14:00","date_gmt":"2020-05-11T13:14:00","guid":{"rendered":"http:\/\/elcep.legtux.org\/?p=458"},"modified":"2020-05-04T09:56:08","modified_gmt":"2020-05-04T08:56:08","slug":"cormas-dans-container-openmole","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/elcep.legtux.org\/?p=458","title":{"rendered":"Cormas dans container OpenMole"},"content":{"rendered":"

Je parlais l’autre jour de l’utilisation de Cormas dans Docker et j’avais \u00e9voqu\u00e9 la possibilit\u00e9 d’utiliser cette plateforme multi-agent \u00e0 l’int\u00e9rieur d’openMole pour pouvoir b\u00e9n\u00e9ficier des possibilit\u00e9s de la taupe pour parall\u00e9liser le calcul et explorer des mod\u00e8les.<\/p>\n

J’avais profit\u00e9 de Romain pendant le coding-camp 2018<\/a> pour qu’on propose une premi\u00e8re version de plug-in cormas pour openMole. En plus d’ouvrir des portent au calcul pour Cormas, l’id\u00e9e \u00e9tait de permettre \u00e0 l’\u00e9quipe de d\u00e9velopper de se concentrer sur le d\u00e9veloppement de la plateforme plut\u00f4t que sur le red\u00e9veloppement des m\u00e9thodes de calcules.<\/p>\n

Etape 1 : un container OpenMole<\/h2>\n

Pour tester Cormas dans openMole le plus simple est d’utiliser docker. En effet l’\u00e9quipe openMole propose un joli petit container qui rox les poneys ! Vous pouvez le lancer comme \u00e7a :<\/p>\n

## telecharger la derniere image\ndocker pull openmole\/openmole:8.0-SNAPSHOT\n## cree un conteneur avec les droit d\u00e9criture sur le dossier monte\ndocker run -u root  -v \/root\/openMole_workSpace:\/var\/openmole openmole\/openmole:8.0-SNAPSHOT chown -R openmole:openmole \/var\/openmole\/\n## lancer le contener en mode detache\ndocker run --cap-add=SYS_PTRACE --security-opt seccomp=unconfined -p 8080:8443 -v \/root\/openMole_workSpace:\/var\/openmole\/ openmole\/openmole:8.0-SNAPSHOT\n\n<\/pre>\n
Etape 2 : le plug-in cormas pour OpenMole<\/h2>\n
Voil\u00e0 la primitive cormas n’est pas directement int\u00e9gr\u00e9e \u00e0 OpenMole, il faudra donc t\u00e9l\u00e9charger le plug-in<\/a>, et l’importer en utilisant le bouton idoine (la prise \u00e9lectrique) dans la barre d’outils en haut.<\/p>\n
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Etape 3 : Le script OpenMole<\/h2>\n
Une fois que le plug-in est install\u00e9, il ne reste plus qu’\u00e0 ex\u00e9cuter un script. Pour se simplifier la vie, on utilisera pour l’exemple un mod\u00e8le charg\u00e9 par d\u00e9faut dans cormas : le mod\u00e8le des pompiers. Pour ceux qui n’ont pas une petite id\u00e9e ce que c’est, on a un automate cellulaire dont les cellules passe de arbre \u00e0 brul\u00e9 et des agents pompier qui vont essayer d’\u00e9teindre l’incendie.<\/p>\n
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Vous pouvez maintenant cr\u00e9e un script.oms<\/em> qui sera executable par OpenMole.<\/p>\n
\/\/ OpenMole Variable definition.\n\/\/ Those variables will be populated in openMole\n\/\/ and send in JSON to Pharo\/Cormas\n\nval seed = Val[Int]\n\nval numberOfFires = Val[Int]\nval numberOfFiremen = Val[Int]\nval percentageOfTrees = Val[Double]\nval dimensionMin = Val[Int]\nval dimensionMax = Val[Int]\nval nbTrees = Val[Int]\n\n\/\/ The CORMASTask take in parameters the class and method able to\n\/\/ launch our simulation. In OUr case using the Cormas-Model-FireAutomata\n\/\/ we run a methods build for OpenMole. You can take a look.\n\/\/ set() allow you to pass some other thing to your task. You can pass :\n\/\/ * your model as a file.st\n\/\/ * inputs from OpenMole Variable\n\/\/ * outputs as an array\n\/\/ * defined parameters how doesn't change between simulation.\n\nval model = CORMASTask(\"CMFireAutomataModel simuOpenMole\") set (\n\/\/resources += workDirectory \/ \"Cormas-Model-FireAutomata.st\",\ninputs += seed,\ncormasInputs += numberOfFires,\ncormasInputs += numberOfFiremen,\ncormasInputs += percentageOfTrees,\ncormasInputs += dimensionMin,\ncormasInputs += dimensionMax,\ncormasOutputs += nbTrees,\n\noutputs += (seed, numberOfFires, numberOfFiremen, percentageOfTrees, dimensionMin, dimensionMax),\n\nnumberOfFires := 3,\nnumberOfFiremen := 10,\npercentageOfTrees := 0.65,\ndimensionMin := 60,\ndimensionMax := 80\n)\n\n\/\/ With the DirectSampling() method you define an easy wait to generate\n\/\/ a sampling for numberOfFires between 1 to 10.\nDirectSampling(\nevaluation = model hook CSVHook(workDirectory \/ \"results.csv\"),\nDirectSampling(\n  evaluation = model hook CSVHook(workDirectory \/ \"results.csv\"),\n  sampling = (numberOfFires in (1 to 10)) x\n             (seed in (UniformDistribution[Int]() take 10))\n)<\/pre>\n
Dans ce script la partie propre \u00e0 Cormas est bien s\u00fbr la CORMASTask()<\/em>. Elle devra contenir l’ensemble des instructions qui seront pass\u00e9es au docker de cormas. Dans l’exemple ici, nous fixons tous les param\u00e8tres par d\u00e9faut. C’est dans la m\u00e9thode DirectSampling()<\/em> que l’on va faire varier le nombre de feux a l’initialisation et qu’on d\u00e9finira le nombre de r\u00e9plications du mod\u00e8le.<\/p>\n
Etape 4 : passer \u00e0 l’\u00e9chelle<\/h2>\n
\u00c0 l’\u00e9tape pr\u00e9c\u00e9dente, on utilise un seul thread de l’ordinateur. Pour passer \u00e0 l’\u00e9chelle rien de plus simple, il faut simplement modifier la fin du script :<\/p>\n
val env = LocalEnvironment(2)\n\n\/\/ With the DirectSampling() method you define an easy wait to generate\n\/\/ a sampling for numberOfFires between 1 to 10.\nDirectSampling(\nevaluation = model on env hook CSVHook(workDirectory \/ \"results.csv\"),\nsampling = (numberOfFires in (1 to 10)) x\n(seed in (UniformDistribution[Int]() take 10))\n)<\/pre>\n
On d\u00e9finit une variable env qu’on va ensuite appel\u00e9e dans \u00e9valuation. Notre variable env fera alors tourner les mod\u00e8les en parall\u00e8le sur … 2 thread. Si vous avez acc\u00e8s \u00e0 plus en local, n’h\u00e9sitez pas \u00e0 pousser. Enfin si vous avez la chance d’avoir acc\u00e8s \u00e0 un cluster il ne vous reste plus qu’a explorer les diff\u00e9rents environnements pris en charge par OpenMole.<\/p>\n
Voil\u00e0 par exemple sur un cluster SGE, 100 jobs lanc\u00e9s que l’on peut monitor dans l’interface openMole<\/p>\n
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et que l’on peut voir sur le cluster avec qstat<\/em><\/p>\n
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R\u00e9f\u00e9rences :<\/h2>\n