Je travaille depuis une semaine pour la Chaire « Capital Environnemental et la Gestion Durable des Cours d’Eau » de la fondation universitaire de Limoges. L’objectif est de travailler sur la dimension collective de gestion de l’eau et plus particulièrement sur les formes sociales qu’elle peuvent prendre.

La première chose que j’ai voulu faire a été de crawler un peu de web pour espérer comprendre comment étaient structurées les organisations autour de la gestion de l’eau sur mon terrain.

Pour cela, j’ai cherché pendant plusieurs heures un outil qui puisse, à partir d’une URL, identifier les liens et retrouver la constellation des renvois que font les sites institutionnels entre eux ; ce que les anglo-saxon appelle le HNA (hyperlink network analysis).

Si ma première réaction a été de me tourner vers R, je n’ai pas vraiment trouvé mon bonheur, et je ne voulais pas ré-écrire un web crawler. Du coup mes explorations m’ont poussé à découvrir :

• SocNetv (un logiciel de réseau en Qt)
• voson (un webservice sur inscription)
• hyphe (un logiciel libre basé sur python et mongoDB)

Il se trouve que j’ai particulièrement aimé ce que propose hyphe, mais il n’est pas (encore) à proprement parlé multi-plateforme. Je me suis dit que ce serait l’occasion de tester Docker qui est une solution de virtualisation d’applications.

Docker quezako

Pour avoir un bon aperçu de ce qu’est Docker pour la virtualisation je vous encourage à lire un très bon post sur le blog de neogeo.

Utiliser Docker c’est magique ! Pour créer un conteneur sous Ubuntu voilà la marche à suivre.

sudo docker run -i -t ubuntu /bin/bash
adduser delaye
apt-get install sudo wget nano
nano /etc/sudoers
nano /usr/sbin/policy-rc.d
exit 0 #à la place de 101

Vous avez alors accès à une machine dans laquelle vous allez pouvoir monter un serveur, une application ou tout autre chose qui peut servir dans la vie d’un chercheur. Mais encore plus fort, vous pourrez déplacer le tout comme un fichier. Ce qui veut dire que vous pourrez échanger avec d’autres vos applications fonctionnelles dans des conteneurs.

Docker + Hyphe = <3

Revenons à nos moutons, la beauté du couple Docker / Hyphe, c’est que vous disposez sur le github de Hyphe d’un Dockerfile. Le Dockerfile vous permet dans un seul ficher texte de définir la configuration d’une application multi-conteneur. Dans notre cas @oncletom nous propose de faire fonctionner hyphe sur 4 conteneurs Docker :

Pour cela vous devez ajouter une brique à Docker : docker-compose. Cette brique s’installe facilement en suivant les indications de la doc.

Une fois que c’est fait, vous pouvez vous rendre dans le répertoire dans lequel vous avez cloné hyphe et lancer l’installation des conteneurs grâce au Dockerfile.

cd github/hyphe/
docker-compose up

Il est temps d’aller prendre un café parce que l’installation prend un certain temps (15 min chez moi). La prochaine fois que vous lancerez l’application avec docker-compose up l’instanciation des composants se fera beaucoup plus rapidement.

Vous accédez à l’application via votre navigateur (pour le moment, Firefox n’est pas supporter et vous devrez utiliser chrome ou chromium) à l’url suivante http://localhost:8000/#/login.

Vous pouvez explorer des projets « test », mais aussi et surtout vous lancer dans un nouveau projet et lâcher vos petits robot dans les méandres de la toile !

Note

Si vous avez besoin de relancer l’installation des conteneurs (s’il y a eu des maj de hyphe par exemple) vous pouvez reconstruire les conteneurs avec

docker-compose build