Fedora : un script post-install pour géographe

Depuis 2011, je prenais soin d’un petit archlinux. Je m’en occupais et faisais bien attention logo Archlinuxà chaque mise à jour, ce qui se révélait parfois sportif, quand tout à coup, sans savoir pourquoi X11 ne répondait plus …

Quand il a fallu rentrer en rédaction de thèse, la première mise à jour difficile m’a fait chercher un système stable… et j’ai essayé Fedora. Voilà maintenant 1 an que je suis donc dans le monde bleu, l’antichambre de Redhat… Et contre toute attente, j’en suis très satisfait. Mais voilà, peut-être à cause du manque de temps, je n’avais pas fait la migration de Fedora 20 à 21… donc il y a quelques semaines, les dernières mises à jour sont arrivées… et rien n’est plus triste que d’avoir un système figé…

Je me suis lancé dans la sauvegarde et la réinstallation du système, mais il faut bien avouer que le pire de tout est la phase de logo Fedorapost-install… les quelques jours où, à chaque besoin logiciel, il faut procéder à une installation.

En soi ce n’est pas forcément problématique, mais en cas de déplacement ou de perte de connexion … rien de plus frustrant. Aussi suis-je partie en quête d’un script de post-install Fedora. J’en ai trouvé un, proposé par Sam Hewitt sur gitHub.

Il ne me restait plus qu’à y ajouter quelques petites choses pour obtenir un beau script de post-install Fedora pour un géographe ! J’ai donc forké !

githuboctacat

On y retrouve toutes les librairies spatiales qui vont bien (gdal, geos, proj4, etc), mais aussi R (et ses packages super comme rgdal, ggplot2, etc), et enfin une fresh build de texlive !

De quoi gagner du temps aux prochaines installations !

la suite …

soutenance DELAYUn petit billet pour vous annoncer avec fierté mon passage dans le monde des docteurs en géographie. La soutenance s’est déroulée le 10 juin à 14h à la FLSH de Limoges. La thèse soutenue sous la direction de E. Rouvellac, N. Becu et P. Allée s’intitule : « Réflexions géographiques sur l’usage des systèmes multi-agents dans la compréhension des processus d’évolution des territoires viticoles de fortes pentes : le cas de la Côte Vermeille et de la val di Cembra« 

J’ai poussé sur github tout le matériel… la thèse (pour les curieux),  la présentation de la soutenance, les différents modèles à base d’agents. En avant-gout, en voilà le résumé :

En ce début de XXIe siècle, le vin et la vigne constituent une richesse importante pour bon nombre de pays. Les territoires viticoles, tout en conservant leurs qualités d’espace de production, développent des stratégies d’adaptation à la globalisation du marché et aux attentes des consommateurs toujours plus versatiles.
Or en raison de conditions orographiques particulières, les territoires de montagne et de fortes pentes voient leurs marges de manœuvre réduites. En effet, une grosse partie de leurs coûts de production reste bien souvent incompressible par rapport à la viticulture de plaine. Paradoxalement ces paysages viticoles, image du construit social et des équilibres environnementaux, participent à leur reconnaissance internationale.

Le travail présenté ici est né en réponse à la sensibilité croissante de ces vignobles de forte pente. En nous appuyant sur deux territoires d’étude, en France le vignoble de la Côte Vermeille et en Italie le val di Cembra, nous questionnons les spécificités de la viticulture de fortes pentes. Notre approche met l’accent sur les possibilités offertes par des méthodes empiriques de modélisation à base d’agents pour proposer un regard renouvelé sur le rôle des interactions société-environnement dans le maintien et le développement de ces territoires sous contraintes.

A travers une constellation de modèles multi-agents issus des questionnements récurrents des acteurs de la filière, et selon une démarche exploratoire et incrémentale, nous nous intéresserons ici à trois grands types de questions posées aux territoires viticoles de fortes pentes.
Le premier concerne la place du marché et ses conséquences sur les dynamiques de couvert végétal à petite échelle. Le second type de questionnement explore également les dynamiques spatiales du couvert végétal, mais se place à mezzo-échelle, et propose de s’intéresser à la définition des règles socio-économiques simples qui sous-tendent les dynamiques foncières à l’échelle de quelques communes. Enfin le dernier volet de ce travail se place à grande échelle et s’intéresse à des phénomènes très descriptifs.

L’ensemble de ces réflexions nous amènera ensuite à utiliser la modélisation co-construite avec les acteurs pour proposer une vision prospective globale pour les territoires de montagne et de fortes pentes. Cette approche prospective sera conduite en parallèle avec certains acteurs de la filière ce qui nous permettra de délimiter les variables structurelles propres aux systèmes de fortes pentes telles qu’elles sont ou non vécues par les acteurs. Basés sur la délimitation de ces variables, nous proposons enfin quatre scenarii prospectifs pour la viticulture en forte pente.

ScreenCast facile sous linux

J’utilise depuis 2 ans un très bon framework HTML et JavaScript du nom de reveal pour faire faire mes présentations. Comme on est en HTML, on peut bénéficier du lecteur de vidéo HTML5!

J’ai donc de temps à autre besoin de faire une capture d’écran sous forme de vidéo pour les intégrer aux présentations. Pour cela j’utilise un utilitaire en ligne de commande : recodremydesktop.

Comme près requis, il faut connaître l’ID de la fenêtre à screencaster. Ce qui est possible grâce a :

xwininfo

J’utilise ensuite recodremydesktop en lui indiquant la fenêtre d’intérêt :

recordmydesktop --no-sound --windowid 0x640001

Et parce que c’est pour intégrer ces vidéos dans reveal en html5 il faut faire une petite transformation en webm

ffmpeg -i foo.avi foo.webm

Et voilà ready !

Présentation ThéoQuant

Un petit post rapide au retour de Théoquant 2015 (un grand rassemblement des géographes quantitativistes en France) qui se tient à Besançon tous les deux ans grâce au laboratoire Théma.

IMG_0140

Ces rencontres ont été une belle opportunité de mettre des visage sur des noms et de découvrir des usages (en particulier de modélisation) particulièrement intéressant.

L’occasion également pour moi d’aller présenter le programme vitiTerroir et les approches multi-agents qui vont se mettre en place. On pourra retrouver ma présentation ici sur github.

Un peut d’espace pour openMole

openmoleSi vous voulez passer un de ces jours à openMole, voilà 2-3 astuces :
openMole va demander beaucoup de ressource à votre ordinateur (d’autant plus s’il tourne en local). Il peut donc s’avérer utilise de de pousser un peut les limites du système. ça se passe dans `/etc/security/limits.conf` vous pouvez coller à la fin du fichier de conf

*               hard    as              110000000
 *               hard    rss             100000000
 *               soft    nproc           20000
 *               hard    nofile          50000
 *               soft    nofile          50000

Les limites soft sont celles qui seront allouées par défaut à votre système et les limites hard sont celles que vous pourrez pousser à la main avec la commande ulimit…

Ensuite vous pourrez si le besoin se fait sentir également déverrouiller certaines limites avec :

ulimit -c unlimited

Voilà on est un peut moins à l’étroit pour jouer avec la mole!

Les coopératives viticoles en France

Grâce au blog de R. Schirmer, j’ai découvert au début de l’été le site de l’observatoire de la viticulture française. Ce site permet d’avoir accès à une documentation très fournie (chiffres à la clef) sur des sujet aussi variés que :

  • les surfaces plantées en vigne
  • les surfaces par cépage dominant
  • les volumes vinifiés par les coopératives ou les caves particulières par commune
  • etc.

Comme je suis en plein travail sur le poids du système coopératif sur le cru Banyuls (dans les PO), j’ai regardé les données auxquelles je pouvais accéder sur le site de l’observatoire. J’ai été enchanté de découvrir dans la rubrique vinification des données diachroniques (entre 2007 et 2013) sur les quantités totales livrées aux coopératives ou vignifiées par des caves particulières, mais aussi type de vin (AOP rouge/rosé, AOP blanc, IGP rouge/rosé, IGP blanc, et sans IGP).

Une véritable mine d’or donc ! Hier soir, prenant mon courage à bras le corps, je me suis lancé dans la récupération des données, et ce sur plusieurs années (2010 et 2013). Un travail long et fastidieux (qui aurait pu être simplifié si les possibilités de téléchargement des données avait été optimisées, mais bon quand on veut, on peut !).

Voilà donc les deux premières sorties graphiques :

  • ggplot_coop_2010_203Sur ces deux premières cartes on peut essayer de jouer au jeu des 7 erreurs :
  • Les bouches ont légèrement reculé
  • Le Haut-Rhin et le  Bas-Rhin sont entrés en course avec des volumes non négligeables
  • Les volumes ont un peu augmenté dans les Pyrénées orientales

Si ensuite on s’intéresse à l’évolution des volumes apportés aux coopératives et vinifiés par des caves particulières entre 2010 et 2013, on produit alors les cartes suivantes :

ggplot_variation_2010_203La première chose qu’on peut noter est la différence d’ordre de grandeur entre les volumes gagnés (ou perdus) par les caves coopératives et ceux générés par les caves particulières. On peut observer deux petites choses. Les volumes produits aussi bien par les coopératives que par les caves particulières entre 2010 et 2013 sont en réduction en Gironde et en augmentation pour le département de l’Hérault. La progression semble également positive pour les départements du Bas Rhin et du Haut Rhin.

Vous pouvez retrouver le matériel et la méthode sur github

Ampélographie et cépages mondiaux : morceaux choisis de géographie viticole

Genèse

J’essaie de reconstruire petit à petit sur les ruines de l’ancien blog, réutiliser une belle pierre pour en faire un appui de fenêtre, et essayer de conserver une trace des travaux qui ne servent à rien, mais qui me tiennent à cœur malgré tout.

Je me suis donc lancé ce soir sur les traces d’un vieux billet perdu à tout jamais (même sur archive.org). Un billet qui avait commencé sur un air de défi pour moi suite à une belle news de portail SIG.

En janvier 2014 donc Francois-Nicolas ROBINNE publiait un petit article pour signaler l’existence d’une base de données construite et mise à disposition par l’université d’Adélaïde, en Australie.

Cette base de données reprend, par pays les surfaces plantées pour 1200 cépages (connus et moins connus). Or, quand on parle d’informations et de pays, un géographe a envie de faire des cartes. En prenant au mot la remarque François-Nicolas je vous propose donc quelques cartes des cépages mondiaux et moins mondiaux…

Morceaux choisis de géographie viticole

La Douce Noire (le Corbeau)

répartition de la Douce Noire dans le monde en 2010
Répartition de la Douce Noire dans le monde en 2010

La douce noire (le nom que lui préfèrent les Savoyards) aussi appelée corbeau (dans les registres officiels), a été réautorisée à la culture dans toute la France en 2009 . C’est un raisin de cuve noir, qui était jadis largement cultivé dans le massif du mont Blanc (connu en Italie sous le nom Dolcetto negro). Comme on le voit sur la carte, il est largement cultivé en Argentine, mais commence à être réintroduit en France grâce aux efforts du Centre d’Ampélographie Alpine (et particulièrement R. Raffin et M. Grisard). Il est particulièrement intéressant en ces temps de changement climatique, car il produit un vin peu alcooleux. En Savoie, il était généralement mélangé dans les parcelles avec du Persan et de la Mondeuse qui sont deux cépages de seconde époque (ce qui permet une vendange simultanée).

Selon l’inventaire des cépages de 1957 que j’avais étudié et cartographié pendant un stage au Centre d’Ampélographie Alpine il en restait 499ha en Savoie.

Le Gewurztraminer (ou traminer aromatico)

répartition du Gewurztraminer a travers le monde
répartition du Gewurztraminer à travers le monde

Le 2nd cépage sur lequel je voudrais m’arrêter est le Gewurztraminer ou Traminer aromatico pour les Italiens. Car si ce cépage est bien connu en France en particulier à cause de l’AOC alsacienne, c’est à nos voisins italiens que je dois l’une des plus belles réussites. Je travaille dans la vraie vie avec la fondazion E.Mach dans le Trentino en Italie. Et il se trouve qu’on cultive très largement le Traminer aromatico dans cette région. Pour les besoins de ma thèse j’ai donc fait quelques séjours prolongés. Le contexte du Val Di Cembra ou de l’Alto Adige sont particulièrement propices à ce cépage rose.

Si d’autres cépages vous intéressent, les scripts R et les (82) cartes sont sur github. Vous pouvez jouer avec les scripts et si, comme L. Jegou, vous voulez éviter cet horrible mercator, vous pouvez forker et jouer avec la fonction coord_map() de ggplot2 (Attention les surprises! la simplification de polygones a été fait avec les pieds)